Bioinformatika serta bidang-bidang yang berkaitan

Bioinformatika atau bioinformatics adalah ilmu penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan juga menganalisis informasi biologis. Bidang yang mencakup penerapan yakni metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya.


Sekilas sejarah
Istilah bioinformatics dikemukakan pertengahan era 1980-an pada penerapan komputer dalam biologi. Namun penerapan bidang-bidang dalam bioinformatika sudah dilakukan sejak tahun 1960-an. Kemajuan teknik biologi molekular dalam mengungkap sekuens biologis dari protein (sejak awal 1950-an) dan asam nukleat (sejak 1960-an) mengawali perkembangan basis data dan teknik analisis sekuens biologis. Basis data sekuens protein mulai dikembangkan pada tahun 1960-an di Amerika Serikat, sementara basis data sekuens DNA dikembangkan pada akhir 1970-an di Amerika Serikat dan Jerman (pada European Molecular Biology Laboratory, Laboratorium Biologi Molekular Eropa). Penemuan teknik sekuensing DNA yang lebih cepat pada pertengahan 1970-an menjadi landasan terjadinya ledakan jumlah sekuens DNA yang berhasil diungkapkan pada 1980-an dan 1990-an, menjadi salah satu pembuka jalan bagi proyek-proyek pengungkapan genom, meningkatkan kebutuhan akan pengelolaan dan analisis sekuens, dan pada akhirnya menyebabkan lahirnya bioinformatika.

Bidang-bidangnya

1. Biofisika

Ilmu yang diperuntukan dalam mengenal teknik-teknik dari ilmu fisika serta memahami struktur tersebut yang membutuhkan penggunaan IT.

2. Komputasional Biologi


Bidang yang merupakan bagian dari bioinformatika yang paling dekat dengan bidang Biologi umum klasik. Fokus dari Computational Biology adalah gerak evolusi, populasi, dan biologi teoritis daripada biomedis dalam molekul dan sel. Pada penerapan bidang ini model-model statistika untuk fenomena biologi lebih di pakai dibandingkan dengan model sebenarnya.

3. Informatika Medis

Ilmu yang baru yang didefinisikan sebagai pembelajaran, penemuan, dan implementasi dari struktur dan algoritma untuk meningkatkan komunikasi, pengertian, dan manajemen informasi medis. Berkaitan dengan data-data yang didapatkan pada level biologi yang lebih “rumit”, dimana sebagian besar bioinformatika lebih memperhatikan informasi dari sistem dan struktur biomolekul dan seluler.

4. Proteomics



Pertama kali digunakan utnuk menggambarkan himpunan dari protein-protein yang tersusun oleh genom. Mengkarakterisasi banyaknya puluhan ribu protein yang dinyatakan dalam sebuah tipe sel yang diberikan pada waktu tertentu melibatkan tempat penyimpanan dan perbandingan dari data yang memiliki jumlah yang sangat besar.

5. Genomics



Bidang ilmu sebelum selesainya sekuen genom, kecuali dalam bentuk yang paling kasar. Genomics adalah setiap usaha untuk menganalisa atau membandingkan seluruh komplemen genetik dari satu spesies atau lebih.


Referensi:

http://akasharecord.blogspot.com/2012/06/bioinformatika-dan-bidang-yang-terkait.html
http://id.wikipedia.org/wiki/Bioinformatika

Komputasi dan Paralel Processing

Komputasi paralel adalah penggunaan simultan lebih dari satu CPU atau inti prosesor yang difokuskan dalam menjalankan suatu program atau beberapa komputasi . Idealnya , parallel processing membuat suatu program berjalan lebih cepat yang dikarenakan adanya mesin tambahan ( CPU atau core ) dalam menjalankannya . Dalam prakteknya , seringkali sulit dalam membagi program sedemikian rupa seperti CPU atau core yang terpisah dapat mengeksekusi bagian yang berbeda tanpa mengganggu satu sama lain . Sebagian besar komputer hanya terdiri atau memiliki satu CPU , tetapi beberapa model dapat juga memiliki lebih. Bahkan ada komputer dengan ribuan CPU.
Komputasi paralel juga merupakan suatu bentuk komputasi yang dimana banyak perhitungan dilakukan secara bersamaan yang beroperasi dengan prinsip bahwa masalah besar sering dapat dibagi menjadi lebih kecil dan kemudian diselesaikan secara bersamaan atau secara paralel.
Komputasi paralel adalah teknik melakukan komputasi secara bersamaan dengan memanfaatkan beberapa komputer secara bersamaan. Biasanya diperlukan saat kapasitas yang diperlukan sangat besar, baik karena harus mengolah data dalam jumlah besar ataupun karena tuntutan proses komputasi yang banyak.

Pemrograman paralel adalah teknik pemrograman komputer yang memungkinkan eksekusi perintah/operasi secara bersamaan baik dalam komputer dengan satu (prosesor tunggal) ataupun banyak (prosesor ganda dengan mesin paralel) CPU. Tujuan utama dari pemrograman paralel adalah untuk meningkatkan performa komputasi.
Keuntungan Paralel Processing yakni waktu eksekusi lebih cepat dan throughput jadi lebih tinggi.
Namun kekurangannya,hardware yang dibutuhkan lebih banyak, dan juga persyaratan daya lebih tinggi, tidak baik untuk yang berdaya rendah dan juga perangkat mobile, serta membutuhkan biaya yang mahal karena penggunaan prosesor yang banyak.

Hubungannya dikarenakan penggunaan komputer atau komputasi sudah dianggap lebih cepat dibandingkan dengan penyelesaian masalah secara manual, maka diperlukan sebuah peningkatan kinerja atau proses komputasi yang akan diterapkan tentunya, yakni salah satunya adalah dengan cara meningkatkan kecepatan perangkat kerasnya yang dimana komponen utama pada perangkat keras komputer yang biasa disebut processor. Sedangkan parallel processing adalah penggunaan beberapa processor (multiprocessor atau arsitektur komputer dengan banyak processor) agar kinerja komputer semakin cepat atau ditingkatkan.

Referensi:
http://en.wikipedia.org/wiki/Parallel_processing
http://networkedblogs.com/v8YUt
http://en.wikipedia.org/wiki/Parallel_computing